La colonizzazione romana si sovrappose probabilmente ad un sostrato etnico-culturale celtico-venetico.

Autori di storia locale come Altan e Zotti appaiono concordi nell’affermare l’esistenza di San Vito poco prima del mille, come del resto testimonia un diplona dell’imperatore Ottone secondo, che donò al Patriarca d ’Aquileia Rodoaldo, duas Cortes, videlicet Cortem de Versia, et Cortem San Viti cum omnibus Juribus, et pertinentibus, ad ipsas Cortes intus et in circuitu pertinentibus. Secondo lo Zotti il paese assunse il nome di San Vito dopo le invasioni degli Ungheri che misero a ferro e a fuoco tutto il Friuli negli anni 899, 904, 923, 942 e particolarmente quella zona chiamata Vastata Ungarorum, tra il Torre ed il Tagliamento. Allora si teneva in gran considerazione il martire San Vito, specialmente in Sassonia.

Alcuni storici come il Paschini e il e il Mor sostengono che le località citate nel Diploma di Ottone potrebbero riferirsi ad altre due omonime. Tuttavia risulta appurato da diversi documenti che San Vito esiteva già nel dodicesimo secolo.

La storia medioevale e moderna di San Vito è legata strettamente a quella del Patriarcato di Aquileia. La comunità era composta dalle famiglie feudali e dalle corporazioni cittadine e pagava un tributo ai patriarchi secondo i calcoli del gastaldo, che fu sostituito, più tardi, dal capitano. La classe più numerosa era costituita da servi, che dipendevano dai proprietari in ogni momento.

Furono i Patriarchi ad ampliare e rinforzare il castello, probabilmente come sostiene anche lo storico Ruggero Zotti per contrapporre il loro potere a quello degli Abati benedettini di Sesto al Reghena , il loro territorio infatti confinava con le terre del castello di San Vito.

Il 30 dicembre 1273 veniva eletto Patriarca di Aquileia il Vescovo di Como Raimondo della Torre, il quale restaurò il palazzo patriarcale e fece costruire due torri conosciute l’una col nome di Raimonda e l’altra con quello di Scaramuccia o di San Nicolò, sulle quali fece scolpire il proprio stemma. La Comunità era retta da un Consiglio, composto da abitatori e successivamente , da rappresentanti dei "vicini (persone rurali e artigiani dei sobborghi) ed aveva voce nel Parlamento della Patria del Friuli.

Dopo la morte del patriarca Raimondo il Papa Bonifacio ottavo nominò patriarca Piero Gerra, che governò per soli venti mesi. Lo seguirono Ottobono, Gastone della Torre , Pagano Della Torre, Bertrando. Questo patriarca si interessò in modo particolare di San Vito, e istituì il 14 febbraio 1341 un mercato settimanale da tenersi tutte le domeniche fuori le mura. Sempre in questo secolo, precisamente nel 1360 viene eretto per volontà patriarcale l'antico ospedale. Era gestito da una confraternita di flagellanti, detta dei Battuti, apparsa in Friuli ancora nel 1290. Nel 1493 all’ospedale venne annessa la Chiesa dei Battuti.

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